De leiding van het Dr. Mollercollege wordt gevormd door een managementteam van vijf teamleiders en een directeur. De teamleiders zijn verantwoordelijk voor hun team en het onderwijs binnen hun afdeling. De algehele leiding is in handen van directeur Anne Voorn. Het managementteam bestaat uit: 

Anne Voorn, directeur 
Jolanda Wolters, teamleider brugklas 
Renée van Huizen, teamleider havo onderbouw 
Sander Rooijakkers, teamleider havo bovenbouw 
Said Kerrar, teamleider vwo onderbouw 
Hanneke Nugteren, teamleider vwo bovenbouw